Türkiye’nin denizcilik alanındaki en önemli kültür kurumlarından biri olan Deniz Müzesi, 31 Ağustos 1897’de Bahriye Nazırı Bozcaadalı Hasan Hüsnü Paşa’nın emirleri ve Tersane Komutanı Amiral Arif Hikmet Paşa’nın destekleriyle Binbaşı Süleyman Nutki tarafından kuruldu. “Müze ve Kütüphane İdaresi” adıyla faaliyetlerine başlayan müze, dünyanın nadir denizcilik müzeleri arasında yer alıyor.
1914 yılında Bahriye Nazırı olan Cemal Paşa’nın başlattığı reformlar kapsamında müze yeniden düzenlendi. Müzenin başına getirilen Deniz Yüzbaşı Ressam Ali Sami Boyar, ilk müze kataloğunu yayımladı ve gemi model atölyeleri ile döküm-manken atölyelerini kurarak kurumun gelişimine önemli katkılar sundu.
1933 yılında Kasımpaşa’daki Nakkaşhane binasına taşınan müze, “Bahriye Müzesi Müdürlüğü” adıyla hizmet vermeye başladı. II. Dünya Savaşı sırasında eserlerin zarar görmemesi için koleksiyonlar Ankara, İzmit ve Niğde’ye nakledildi.
Savaşın ardından yeniden İstanbul’a taşınan müze, 1948 yılında “Deniz Müzesi ve Arşivi Müdürlüğü” adıyla ziyaretçilere kapılarını açtı. Son olarak 27 Eylül 1961’de Beşiktaş İskele Meydanı’nda, Barbaros Hayrettin Paşa’nın türbesi ve anıtının yanında bulunan bugünkü yerine taşındı.
Modern müze binası ise 4 Ekim 2013 tarihinde hizmete açıldı. Günümüzde Deniz Müzesi, sahip olduğu zengin koleksiyon ve eser çeşitliliğiyle Türkiye’nin en büyük denizcilik müzesi, dünyanın ise sayılı denizcilik müzelerinden biri olarak faaliyetlerini sürdürüyor.